Below you will find pages that utilize the taxonomy term “sam”
Blog
ClipCrop Installation on Linux Mint 16 nvm, Node, npm Included
ClipCrop is a tool for detecting structural variations from SAM files. And it’s built with Node.js.
ClipCrop uses two softwares internally so they should be installed first.
Install SHRiMP2
SHRiMP is a software package for aligning genomic reads against a target genome.
1$ mkdir ~/software 2$ cd ~/software 3$ wget http://compbio.cs.toronto.edu/shrimp/releases/SHRiMP_2_2_3.lx26.x86_64.tar.gz 4$ tar xzvf SHRiMP_2_2_3.lx26.x86_64.tar.gz 5$ cd SHRiMP_2_2_3 6$ file bin/gmapper 7$ export SHRIMP_FOLDER=$PWD Install BWA
BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome.
Blog
SAM Dosyası - BAM Dosyası - samtools
Aslında programlamam gereken pipeline direkt olarak eşleşmeyen okumalar üzerinden analizler yapacak. Ancak böyle bir veri bulamadiığım için, elimdeki tek veri eşleşen ve eşleşmeyen okumaları içerdiği için önce eşleşenlerden kurtulmam gerekti.
Bunu daha önce de belirttiğim gibi bwa eşleştiricisi (aligner - mapper) ile yapıyorum. bwa bir dizi işlemden sonra SAM dosyası oluşturuyor ancak benim FASTQ dosyasına ihtiyacım var. Bunun için SAM dosyasını samtools1 ile benzer bir format olan BAM dosyasına çevirip, daha sonra da bam2fastq2 aracı ile FASTQ dosyamı elde edeceğim.