Güngör Budak's Blog

Bioinformatics, web programming, coding in general

Jupyter Notebook ile R Programlama - R Kernel Kurulumu

Daha önceki bir yazımda Jupyter’in kurulumundan ve Jupyter Notebook‘tan bahsetmiştim. Jupyter’in kurulumu Jupyter Notebook’a Python kernelini direkt kuruyor ve Python ile programlamayı mümkün kılıyor ancak biyoenformatikte sıkça kullanılacak bir diğer programlama dili olan R programlama için ilgili kerneli ekstra kurmak gerekiyor. Bu yazımda bu kernelin kurulumundan bahsedeceğim.

Read more →


Jupyter / Python Nedir, Nasıl Kurulur?

Jupyter çeşitli programlama dilleri için etkileşimli bir ortam sağlayan yazılımdır. Orijinal olarak IPython (interactive python) adıyla, Python programlama dili için geliştirildi ancak daha sonra kurucuları Jupyter projesini başlatıp IPython’ın birçok tarafını Jupyter’e kaydırdı. IPython, sadece Jupyter’in kerneli olarak devam ediyor.

Read more →


Computing Significance of Overlap between Two Sets using Hypergeometric Test

There are many cases where we have two sets (e.g. under two different conditions) of things such as transcripts, genes or proteins and we want to compute the significance of the overlap between them. Hypergeometric test is very simple and widely used option for such cases.

Read more →