Convert Gene Symbols to Entrez IDs in R

Bioinformatics studies usually includes gene symbols as identifiers (IDs) as they are more recognizable comparing to other IDs such as Entrez IDs. However, certain analyses (tools) may not use gene symbols as there are usually more than one symbol so it is more difficult to implement a method to work with gene symbols. In such cases, you may need to do a conversion which is very common thing to do in bioinformatics.

Read more →


Memory Leak Testing with Valgrind on macOS using Docker Containers

I had some issues installing Valgrind on macOS High Sierra and posted some tips to successfully install it to the system. Although I could install the software this way, it didn’t work correctly after testing with with several real and dummy C++ codes. It was giving me a memory leak error even with an empty code. So, then I decided to use an Ubuntu 16.04 based Docker container to test the code within the container using the Ubuntu version of Valgrind.

Read more →


Jupyter Notebook ile R Programlama - R Kernel Kurulumu

Daha önceki bir yazımda Jupyter’in kurulumundan ve Jupyter Notebook‘tan bahsetmiştim. Jupyter’in kurulumu Jupyter Notebook’a Python kernelini direkt kuruyor ve Python ile programlamayı mümkün kılıyor ancak biyoenformatikte sıkça kullanılacak bir diğer programlama dili olan R programlama için ilgili kerneli ekstra kurmak gerekiyor. Bu yazımda bu kernelin kurulumundan bahsedeceğim.

Read more →


Jupyter / Python Nedir, Nasıl Kurulur?

Jupyter çeşitli programlama dilleri için etkileşimli bir ortam sağlayan yazılımdır. Orijinal olarak IPython (interactive python) adıyla, Python programlama dili için geliştirildi ancak daha sonra kurucuları Jupyter projesini başlatıp IPython’ın birçok tarafını Jupyter’e kaydırdı. IPython, sadece Jupyter’in kerneli olarak devam ediyor.

Read more →