Inceleme Sonuclarini "Ambiguous" Olarak Ayirmak

Cesitli veritabanlarina karsi yaptigim aramalardan aldigim sonuclari incelerken, bunlari cesitli esik degerleri ile degerlendirmek ile beraber belirlenen esik degerlerinin uzerinde ya da altinda olan hitleri “Ambiguous” (belirsiz, cok anlamli) ya da “Unique” (essiz, tek) olarak ayirarak daha da anlamli hale getirmeye calisiyorum.

Read more →


Yeni Verisetinin Incelenmesi

Pipeline’i tasarlama asamasinda deneme amacli kullandigim onceki verinin cok kotu olmasi sebebiyle yeni bir veriseti aldim. Elbette deneme asamasinda birden fazla, farkli karakterlerde verisetleri kullanmak yararlidir. Ancak onceki veriseti anlamli birkac sonuc veremeyecek kadar kotuydu diyebilirim. Ayrintilarina buradan gozatabilirsiniz.

Read more →


Birden Fazla Dizi Dosyalarindan MegaBLAST'i Calistirmak

Asagidaki scripti, pipeline’in MegaBLAST aramasini daha hizli yapabilmek icin dusundugumuz bir teknige uygun olabilmesi icin yazdim. Yaptigi sey, her okuma icin olusturulmus ve formatlanmis dizi dosyalarini kullanarak veritabanlarinda belirtilen baslangic noktasi ve okuma sayisi ile arama yapmak.

Read more →


Unix'te Perl Ile Bir Komut Ciktisini Okumak ve Duzenli Ifadeler

Daha once organizma isimlerini duzenli ifadelerle nasil cikardigimi anlatmistim. Burada, gene benzer bir seyden bahsedecegim ancak bu biraz daha fazla, ozel bir teknikle Perl’de yapilan, veri tabanindan bilgileri birden fazla satir halinde cikti olarak aldigim icin gerek duydugum cok yararli bir yontem. Mutlaka benzerini baska amaclarla da kullanabilir, yararlanabilirsiniz.

Read more →


Duzenli Ifadeler ile Tur Ismini Elde Etmek

Projemin sonunda kullaniciya olasi kirleten organizmalarin adlarini (Latince tur isimleri) gosterecegim icin, MegaBLAST sonuclarindaki erisim numaralarini (accession number) kullanarak her dizi icin organizma adlarini elde etmem gerekiyor. Sequence Retrival System (SRS) adinda, HUSAR sunucularinda bulunan baska bir sistem ile bunu yapabiliyorum.

Read more →


MegaBLAST Aramasini Hizlandirma

Son zamanlarda sadece farkli veritabanlarinda, MegaBLAST’i en cabuk ve etkili bir sekilde calistirmanin yolunu ariyorum ve FASTA dosyasi olusturma asamasinda, gercekten cokca ise yarayan bir yontem danismanim tarafindan geldi.

Read more →