BWA İle Eşleştirme (Mapping - Alignment)

Bunu daha önce yazmayı unutmuşum. Aslında bahsetmiştim ancak nasıl yapıldığına dair bir şeyler yazmamışım ayrıca örnek komutlar da eklememişim. BWA elimizdeki (FASTQ formatındaki) DNA dizilimini, referans genomunu (projemde bu insan genomu) alarak bir .sai dosyası oluşturuyor. Bu dosya dizinin ve referans genomunun eşleşmesi ile ilgili bilgiler taşiyor ve bu bilgileri kullanarak eşleşmeyenleri ayırabiliyorum. İlk olarak aşağıdaki komut ile .sai dosyamızı oluşturuyoruz. 1bwa aln $NGSDATAROOT/bwa/human_genome37 ChIP_NoIndex_L001_R1_complete_filtered.fastq > complete_alignment.sai Oluşturduğumuz .sai dosyası çok da kullanışlı bir dosya değil, bu yüzden onu SAM dosyasına çevirerek, işlemlere devam ediyoruz.