Below you will find pages that utilize the taxonomy term “dizi”
Blog
Birden Fazla Dizi Dosyalarindan MegaBLAST'i Calistirmak
Asagidaki scripti, pipeline’in MegaBLAST aramasini daha hizli yapabilmek icin dusundugumuz bir teknige uygun olabilmesi icin yazdim. Yaptigi sey, her okuma icin olusturulmus ve formatlanmis dizi dosyalarini kullanarak veritabanlarinda belirtilen baslangic noktasi ve okuma sayisi ile arama yapmak.
1#!user/local/bin/perl 2 3$database = $ARGV[0]; 4$dir = $ARGV[1]; #directory for sequences 5$sp = $ARGV[2]; #starting point 6$n = $ARGV[3] + $sp; 7 8while (1) { 9 system("blastplus -programname=megablast $dir/read_$sp.seq $database -OUTFILE=read_$sp.megablast -nobatch -d"); 10 $sp++; 11 last if ($sp == $n); 12} Burada her sey gercekten cok basit bir programlama ile isliyor.