Below you will find pages that utilize the taxonomy term “dna”
Blog
Searching Open Reading Frames (ORF) in DNA sequences - ORF Finder
Open reading frames (ORF) are regions on DNA which are translated into protein. They are in between start and stop codons and they are usually long.
The Python script below searches for ORFs in six frames and returns the longest one. It doesn’t consider start codon as a delimiter and only splits the sequence by stop codons. So the ORF can start with any codon but ends with a stop codon (TAG, TGA, TAA).
Blog
Dizileme Çalışmalarını Kirleten Organizmaları Tespit Etme
Bu yaz stajımda ilk olarak başlayacağım çalışma yavaş yavaş şekilleniyor. Bu çalışmada bir pipeline oluşturup, bunu laboratuvarlarda dizileme (sequencing) örneklerini kirleten organizmaları bulmaya çalışacağım.
Laboratuvarlarda birçok nedenden dolayı örnekler başka organizmalar ya da yabancı DNA tarafından kirlenebiliyor. Bunlar bakteri, maya olabilir ya da bir virüs DNA’sı da olabilir. Siz bir DNA’yı diziledikten sonra onun referansıyla eşleştirme çok az oranda çıkabiliyor. Bu da yabancı DNA’nın olabileceğini gösteriyor. Bir başka neden referans DNA’nın farklı olması da olabilir.