Pipeline’da son asama, aranan dizilerin urettigi ciktilari baska bir script ile incelemek. Bu islemle herbir megablast dosyasi okunuyor, ve dizilerin name, identity, overlapping length gibi parametrelerinin degerleri saklanarak amaca yonelik sekilde ekrana yazdiriliyor. Projemde HUSAR paketinde bulunan ve yukarida bahsettigim alanlari bana dizi olarak donduren Inslink adinda bir parser kullaniyorum. Bu parserin yaptigi tek sey, dosyayi okumak ve dosyadaki istenen alanlarin degerlerini saklamak. Daha sonra ben bu saklanan degerleri, koda eklemeler yaparak gosteriyorum ve birkac ek kod ile de ihtiyacim olan anlamli sonuclar gosteriyorum.

Bugün programı oluştururken kullanacağım “test” dizilimini aldım. İki adet FASTQ dosyasından oluşuyor, her biri sıkıştırılmış ama buna rağmen boyutları 6 GB civarı. Ben elbette çok zaman kaybetmek istemediğim için bu dosyalardan birinin sadece bir kısmını kullanacağım. Amacım, bu FASTQ dosyalarındaki eşleşebilen okumaları BWA aracı ile bularak, daha sonra onları çıkarmak. Ve kalan eşleşemeyen okumaları MegaBLAST aracının anlayabileceği bir dilde (FASTA formatında) kaydetmek. Bu arada tüm projeyi bir Unix bilgisayarda hazırladığım için birçok komut öğreniyorum, daha sonra bunları ayrıca yazmaya çalışacağım.