Below you will find pages that utilize the taxonomy term “getz”
Blog
SRS'de Coklu Arama Yapmak
Inceleme yapan scriptin en son hali, oncekilere gore daha fazla okuma inceliyor oldugu icin her okuma icin SRS uzerinde isim aramak oldukca zaman alan bir islemdi. Oyle ki, son inceleme 4 gun surdu.
Bunu azaltmak icin inceleme scriptini tamamen degistirdim. Oncelikle her zaman oldugu gibi esik degerini gecenleri aliyor ama direkt bunlarin ID numaralarini bir dizide (array) listeliyorum. Daha sonra bu listenin herbir elemanini boru karakteri ile ayirarak bir string haline getiriyorum.
Blog
Unix'te Perl Ile Bir Komut Ciktisini Okumak ve Duzenli Ifadeler
Daha once organizma isimlerini duzenli ifadelerle nasil cikardigimi anlatmistim. Burada, gene benzer bir seyden bahsedecegim ancak bu biraz daha fazla, ozel bir teknikle Perl’de yapilan, veri tabanindan bilgileri birden fazla satir halinde cikti olarak aldigim icin gerek duydugum cok yararli bir yontem. Mutlaka benzerini baska amaclarla da kullanabilir, yararlanabilirsiniz.
Bu ihtiyac, HUSAR gurubu tarafindan olusturulan honest veritabaninin organizma isimlerini direkt sunmamasi ancak birkac satir halinde gostermesi sebebiyle dogdu. Asagida bunun ornegini gorebilirsiniz.
Blog
Duzenli Ifadeler ile Tur Ismini Elde Etmek
Projemin sonunda kullaniciya olasi kirleten organizmalarin adlarini (Latince tur isimleri) gosterecegim icin, MegaBLAST sonuclarindaki erisim numaralarini (accession number) kullanarak her dizi icin organizma adlarini elde etmem gerekiyor. Sequence Retrival System (SRS) adinda, HUSAR sunucularinda bulunan baska bir sistem ile bunu yapabiliyorum.
SRS’ten organizma adini ogrenebilmem icin Unix komut satirinda “getz” komutuyla birlikte veritabani ismi, erisim numarasi ve ogrenmek istedigim alani yazmam yetiyor. Asagida, bu isi yapabilen ornek bir kod bulabilirsiniz.