Daha önceki bir yazımda [Jupyter’in kurulumundan ve Jupyter Notebook]({% post_url 2018-03-31-jupyter-python-nedir-nasil-kurulur %})’tan bahsetmiştim. Jupyter’in kurulumu Jupyter Notebook’a Python kernelini direkt kuruyor ve Python ile programlamayı mümkün kılıyor ancak biyoenformatikte sıkça kullanılacak bir diğer programlama dili olan R programlama için ilgili kerneli ekstra kurmak gerekiyor. Bu yazımda bu kernelin kurulumundan bahsedeceğim. Öncelikle [Jupyter kurulumu]({% post_url 2018-03-31-jupyter-python-nedir-nasil-kurulur %}) ve R kurulumu yapılmış olması gerekiyor. Daha sonra Terminal’den aşağıdaki komutu kullanarak bir R oturumu başlatın:

Jupyter çeşitli programlama dilleri için etkileşimli bir ortam sağlayan yazılımdır. Orijinal olarak IPython (interactive python) adıyla, Python programlama dili için geliştirildi ancak daha sonra kurucuları Jupyter projesini başlatıp IPython’ın birçok tarafını Jupyter’e kaydırdı. IPython, sadece Jupyter’in kerneli olarak devam ediyor. Jupyter’in özellikleri; Etkileşimli bir shell sunması, Komut İstemi/Terminal’den jupyter console komutu ile başlatılır ve orijinal Python shell’ine göre otomatik tamamlama gibi kullanıcı dostu özellikleri barındırır. Tarayıcı tabanlı defter (notebook) sunması, Komut İstemi/Terminal’den jupyter notebook komutu ile başlatılır, açılan tarayıcı penceresinden yeni defter oluşturularak çeşitli programlama dillerinde kodlar yazılabilir ve bu kodlar çalıştırılarak çıktıları (metin, grafik, vs) etkileşimli olarak direkt tarayıcıda görüntülenebilir.